Отделы музея
Научный отдел истории с древнейших времен до начала XX века
Один из старейших научных отделов музея, функционирующих с 1923 года. В отделе работает 1 научный сотрудник. В состав отдела входят экспозиции археологии, Корана, история Бухарского ханства (эмиратства), нумизматики и эпиграфики.
Руководит отделом - У.Равшанов.
Научный отдел природы
Один из старейших отделов музея, функционирующих с 1951 года. В отделе работает 1 научный сотрудник. Хранение включает - 536 экспонатов.
Руководит отделом - Б.Рахматова.
Отдел «Туризма и маркетинга»
Экскурсионный отдел музея был основан в 1972 году. В отделе работают 27 сотрудника - это специалисты и экскурсоводы. Их задачей является ознакомление посетителей музея с многочисленными коллекциями музея-заповедника. Экскурсии проводятся на узбекском, русском, таджикском, английском, немецком языках. Ежегодно сотрудники отдела, проводят около 30 тысяч экскурсий.
Руководит отделом Р.Алиев
Научный отдел искусства и этнографии
Отдел создан в 1975 году. В отделе работают 5 человек. Отдел состоит из двух экспозиций.
Руководит отделом И.Шарипов.
Ситораи Мохи-Хосса - садово-дворцовый комплекс
В филиале музея расположены экспозиции:
- «Интерьер летнего дворца » - (главный корпус);
- «Национальная одежда бухарских горожан XIX-XX вв.» - (восьмигранный павильон);
- «Художественная вышивка и предметы быта XIX-XX вв.»;
- «Дворцовая мебель XIX-XX веков» - (спальный корпус);
Хранение включает около 1500 экспонатов.
В музее работают 4 научных сотрудника.
Руководит филиалом Б.Насимов.
Музей изобразительных искусств
В музее расположены:
- Картинная галерея, открытая в 1982 году. Формирование коллекции было начато еще в 1932 году. Среди них уникальными являются работы художников П.П. Бенькова, Карахана, М.И. Курзина, У.Тансикбаева. Фонды насчитывают около 1000 произведений живописи, графики, скульптуры и миниатюры.
- Выставка «Древнее ювелирное искусство Бухары» открыта в 1994 году в помещении сейфа бывшего государственного банка.
В музее работает 1 научный сотрудник.
Руководит филиалом О.Мавлонов.
Научная библиотека
Одна из старейших библиотек в Бухарской области. В основу коллекции легла собственная книжная коллекция последнего правителя Бухары Саид Алимхана (1911-1920 гг.), состоящая из рукописных и литографических изданий (XYII-XX вв.). В настоящее время эта часть коллекции передана в ведение Центра по изучению восточных рукописей.
В библиотеке музея (Арк) хранится более 5000 изданий по истории, искусству, этнографии и архитектуре.